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Berechnung und Visualisierung von Kavitäten in Molekülen während eines Docking-Prozesses

  • Die vorliegende Arbeit beschreibt die Entwicklung eines OpenGL-basierten Tools zur Visualisierung von Hohlräumen in Proteinen, welche während eines statischen Dockings beobachtet werden können. Ziel ist es, anhand von Informationen über Abstände zwischen Proteinen und Liganden, Schluss- folgerungen über Interaktionen zu ziehen, um daraus Ansätze für die Entwicklung künstlicher Liganden zu gewinnen. Zunächst wird auf chemische Grundlagen eingegangen, die das Thema motivieren und für das Verständnis der Thematik und der genutzten Algorithmen wichtig sind. Des Weiteren wird bestehende Software vorgestellt, die ähnliche Sachverhalte löst. Anschließend werden die Voraussetzungen zur Entwicklung des Programmes genannt, woraufhin dieses detailliert beschrieben wird. Zum Abschluss wird das Tool in Hinblick auf Performance und Nutzen evaluiert und ein zusammenfassendes Fazit getroffen, in dem sich das Programm als gute Hilfe für bestehende Forschungen und gute Basis für weitere, tiefergehende Forschungsprojekte erweist.
  • The present thesis describes the development of an OpenGL-based tool visualizing cavities of proteins, which can be observed during a static docking simulation. The goal is to achieve knowledge about interactions between proteins and ligands based on information about distances between them. At first chemical basics, which motivate the topic and are important for understanding the topic and the used algorithms, are presented. Furthermore existing software, which deals with similar issues, is described. Next the prerequisites for the development of the program are presented and the tool is described in detail. Concluding the tool is evaluated concerning performance and usage and a summarizing conclusion is given. The program turns out as a helpful tool for current research and a good base for further and deeper research projects.

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Metadaten
Author:Vanessa Schüller
URN:urn:nbn:de:kola-15297
Referee:Stefan Müller
Advisor:Nils Lichtenberg
Document Type:Bachelor Thesis
Language:German
Date of completion:2017/03/01
Date of publication:2018/02/07
Publishing institution:Universität Koblenz-Landau, Universitätsbibliothek
Granting institution:Universität Koblenz-Landau, Campus Koblenz, Fachbereich 4
Date of final exam:2017/03/09
Release Date:2018/02/07
Number of pages:iv, 85
Institutes:Fachbereich 4 / Institut für Computervisualistik
BKL-Classification:54 Informatik
Licence (German):License LogoEs gilt das deutsche Urheberrecht: § 53 UrhG