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Objectives: Crayfish plague disease, caused by the oomycete pathogen Aphanomyces astaci represents one of the greatest risks for the biodiversity of the freshwater crayfish. This data article covers the de novo transcriptome assembly and annotation data of the noble crayfish and the marbled crayfish challenged with Ap. astaci. Following the controlled infection experiment (Francesconi et al. in Front Ecol Evol, 2021, https://doi.org/10.3389/fevo.2021.647037), we conducted a differential gene expression analysis described in (Boštjančić et al. in BMC Genom, 2022, https://doi.org/10.1186/s12864-022-08571-z) Data description: In total, 25 noble crayfish and 30 marbled crayfish were selected. Hepatopancreas tissue was isolated, followed by RNA sequencing using the Illumina NovaSeq 6000 platform. Raw data was checked for quality with FastQC, adapter and quality trimming were conducted using Trimmomatic followed by de novo assembly with Trinity. Assembly quality was assessed with BUSCO, at 93.30% and 93.98% completeness for the noble crayfish and the marbled crayfish, respectively. Transcripts were annotated using the Dammit! pipeline and assigned to KEGG pathways. Respective transcriptome and raw datasets may be reused as the reference transcriptome assemblies for future expression studies.
The growing numbers of breeding rooks (Corvus frugilegus) in the city of Landau (Rhineland- Palatinate, Germany) increase the potential for conflict between rooks and humans, which is mainly associated with noise and faeces. Therefore, the aim of this work is a better understanding of the breeding tree selection of the rook in order to develop options for action and management in the future.
Part I of this thesis provides general background information on the rook and includes mapping of the rookeries in the Anterior Palatinate and South Palatinate including Landau in the year 2020. That mapping revealed that the number of rural colonies has decreased, while the number of urban colonies has increased in the study area in the last few years. In line with current literature, tree species and tree size were important criteria for breeding tree selection. However, the mapping showed that additional factors must be important as well.
Therefore, as rooks seem to often breed along traffic axes, Part II of this thesis examines how temperature, artificial light and noise, which are all linked to traffic axes, affect the breeding tree selection of the rook in the city of Landau. The following three hypotheses are developed: (1) manually selected breeding trees (Bm) have a warmer microclimate than manually selected non-breeding trees (Nm) or randomly selected non-breeding trees (Nr), (2) Bm are exposed to a higher light level than Nm or Nr and (3) Bm are exposed to a higher noise level than Nm or Nr. To test these hypotheses, 15 Bm, 13 Nm and 16 Nr are investigated.
The results show that Bm were exposed to more noise than both types of non-breeding trees (μBm, noise = 36.52481 dB, μNm, noise = 31.27229 dB, μNr, noise = 29.17417 dB) where the difference between Bm and Nr was significant. In addition, there was a tendency for Bm to be exposed to less light (μBm, light = 0.356 lx) than Nm (μNm, light = 0.4107692 lx) and significantly less light than Nr (μNr, light = 1.995 lx), while temperature did not differ between the groups (μBm, temp = 16.90549 °C, μNm, temp = 16.93118 °C, μNr, temp = 17.28639 °C).
This study shows for the first time that rooks prefer trees which are exposed to low light levels and high noise levels, i.e. more intense traffic noise, for breeding. It can only be speculated that the cause of this is lower enemy pressure at such sites. The fact that temperature does not seem to have any influence on breeding tree selection may be due to only small temperature differences at nest height, which might be compensated by breeding behaviour. Consequently, in the long term one management approach could be to divert traffic from inner-city areas, especially schools and hospitals, to bypasses. If tree genera suitable for rooks, such as plane trees, are planted along the bypasses, those sites could provide suitable alternative habitats to inner-city breeding locations, which become less attractive for breeding due to noise reduction. In the short term in addition to locally implemented repellent measures the most effective approach is to strengthen rook acceptance among the population. However, further research is needed to verify the results of this thesis and to gain further insights into rook breeding site selection in order to develop effective management measures.
Intensivierung der Landwirtschaft führt weltweit zu einem fortschreitenden Verlust der biologischen Vielfalt in Agrarlandschaften. Die daraus resultierende Homogenität der Landschaft, die mit der Ausweitung von Monokulturflächen und dem Verlust naturnaher Lebensräume einhergeht, hat schwerwiegende Auswirkungen auf Arthropoden in Agrarlandschaften. Während Ackerflächen aufgrund intensiver und häufiger Störungen für viele Arten ungeeignete Habitate darstellen, können naturnahe Lebensräume in Agrarökosystemen als wichtige Rückzugsflächen fungieren. Die Erschaffung von naturnahen Lebensräumen durch Agrarumweltmaßnahmen in intensiven Agrarlandschaften, wie der Maifelder Agrarlandschaft in Westdeutschland, sollen den negativen Auswirkungen der landwirtschaftlichen Intensivierung entgegenwirken. Allerdings ist die Wirksamkeit dieser Maßnahmen für den Artenschutz noch umstritten. Aus diesem Grund wird in dieser Arbeit die Artenvielfalt der Käfer (Coleoptera) und Spinnen (Araneida) auf Weizenfeldern und verschiedenen naturnahen Lebensräumen (grasbewachsene Feldränder angrenzend an Weizen- und Rapsfelder; klein- und großflächige, mit Wildblumenmischungen eingesäte, Stilllegungsflächen; dauerhafte Grünlandbrachen) miteinander verglichen. Hierfür wurden die Arthropoden in den Jahren 2019 und 2020 mit Bodenfallen und Saugproben erfasst. Die vorliegenden Ergebnisse zeigen, dass die Landnutzung die Käfer- und Spinnendiversität im Untersuchungsgebiet beeinflusst, mit einer deutlich höheren Artenvielfalt auf den Grünlandbrachen als auf den Weizenfeldern. Überraschenderweise bestanden zwischen allen naturnahen Lebensräumen nur geringe Unterschiede, jedoch beherbergten sie unterschiedliche Artengemeinschaften. Hier unterschieden sich vor allem die Käfer- und Spinnengemeinschaften der großflächigen Grünlandbrachen deutlich von allen anderen untersuchten Landnutzungstypen. Insbesondere für Habitatspezialisten und gefährdete Arten stellten die Grünlandbrachen wichtige Lebensräume dar, wahrscheinlich aufgrund ihrer variablen Bodenfeuchtigkeit und komplexen Lebensraumstruktur. Im Gegensatz dazu wiesen Weizenfelder homogene Arthropodengemeinschaften mit einem geringeren Merkmalsreichtum auf und wurden von einigen wenigen räuberischen Arten dominiert, die sich an derartig intensive Lebensräume angepasst haben. Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass sich alle Schutzmaßnahmen ergänzen, indem sie auf unterschiedliche Weise zur Förderung der Käfer und Spinnen auf landwirtschaftlichen Flächen beitragen können. Selbst kleinflächige naturnahe Lebensräume und bestehende Habitatgrenzen in einer landwirtschaftlichen Matrix scheinen wertvolle Lebensräume für Arthropoden in Agrarökosystemen darzustellen, indem sie zur Erhöhung der taxonomischen Vielfalt beitragen. Feldränder und kleine, mit Wildblumen eingesäte Flächen, können isolierte naturnahe Lebensräume miteinander verbinden und zu einer heterogenen Agrarlandschaft beitragen. Folglich führt eine Kombination verschiedener klein- und großflächiger Begrünungsmaßnahmen zu einer erhöhten Landschaftsheterogenität, die sich wiederum positiv auf die Käfer- und Spinnenvielfalt auswirkt. In Anbetracht des weltweit anhaltenden Verlustes der Artenvielfalt in Agrarlandschaften, sollten Agrarumweltmaßnahmen in Zukunft gefördert werden, da sie für den Arthropodenschutz in intensiven Agrarlandschaften, wie im Maifeld, besonders bedeutsam sind.
Agricultural plastic covers made from polyethylene (PE) and polypropylene (PP) provide increased yields and an improved crop quality. However, such covers are suspected of partially breaking down into smaller debris and thereby contributing to soil pollution with microplastics. To scrutinize this, we randomly sampled 240 topsoil cores (0–5 cm) from eight fields which were covered with fleeces, perforated foils, and plastic mulches for less than 2 years. Samples from the field periphery (50 m perimeter) served as a reference. Visual plastic debris > 2 mm was analyzed by Fourier transform infrared spectroscopy. Smaller, soil-associated plastic debris was dispersed from 50 g of fine soil (≤ 2 mm) using sodium hexametaphosphate solution and density-separated with saturated NaCl solution. The collected PE, PP, and polystyrene (PS) debris was selectively dissolved in a mixture of 1,2,4-trichlorobenzene and p-xylene at 150 °C and quantified by pyrolysis–gas chromatography–mass spectrometry (Py-GC/MS). We counted six PE and PS fragments > 2 mm in two out of eight fields. By contrast, Py-GC/MS detected PE, PP, and PS contents in the fine soil of six fields (6 % of all samples). In three fields, PE levels of 3–35 mg kg−1 were potentially associated with the use of thinner and less durable perforated foils (40 µm thickness). This was slightly more pronounced at field edges where the plastic covers are turned and weighed down. By contrast, 50 µm thick PE films were not shown to emit any plastic debris. PP contents of 5–10 mg kg−1 were restricted to single observations in the field centers of three sites. At one site, we found expanded PS particles > 2 mm that concurred with elevated PS levels (8–19 mg kg−1) in the fine soil. Both PP and PS were distributed indistinctly across sites so that their source remained unresolved. In addition, the extent to which plastic contents of up to 7 mg kg−1 in the field periphery of some sites were attributed to wind drift from the covered fields or from external sources needs to be investigated in future studies. Our results suggest that the short-term use of thicker and more durable plastic covers should be preferred over thinner or perforated films to limit plastic emissions and accumulation in soil.
Der Zweck dieser Arbeit ist es, sich auf die kritischen Forschungsherausforderungen und -themen zu konzentrieren, die UI/UX-Designprinzipien umgeben, mit einem Schwerpunkt auf kulturübergreifenden Konzepten aus der Perspektive von E-Learning-Plattformen. Zu diesem Zweck betrachten wir zunächst die kulturellen Dimensionen auf der Grundlage des Hofstede-Rahmens mit dem Ziel, wichtige kulturelle Werte zu identifizieren. Als zweites Ziel der Forschung erleichtert eine Reihe von Kriterien, die so genannte Usability-Heuristik von Nielsen, die Erkennung von Usability Problemen bei der Gestaltung von Benutzeroberflächen (UI). Die Usability-Heuristiken umfassen zehn Variablen, die die Interaktion zwischen dem Benutzer und einem Produkt oder System beeinflussen. Wenn wir uns näher mit
diesen Themen befassen, werden wir in der Lage sein, eine Matrix mit Beziehungen zwischen der heuristischen Bewertung von Nielsen und dem kulturellen Rahmen von Geert Hofstede aufzudecken. Abschließend erörtern wir das mögliche Potenzial kultureller Werte zur Beeinflussung von Benutzeroberflächen für E-Learning-Plattformen. In der Tat gibt es einige Funktionen in E-Learning-Plattformen, die aufgrund der Kultur weniger diskutiert werden, obwohl sie sehr praktisch in die Plattformen integriert werden können.
In den letzten Jahrzehnten wurde deutlich, dass die Welt mit einer beispiellosen, vom Menschen verursachten Biodiversitätskrise konfrontiert ist. Eine der am stärksten bedrohten Artengruppen stellen dabei die Amphibien dar, so gelten laut IUCN 41% der Amphibienarten als gefährdet. Jedoch können selbst bei Arten die als "least concern" klassifiziert sind Populationsrückgänge auf lokaler Ebene beobachtet werden. Mit einer veränderten Landnutzung und dem Einsatz von Pestiziden sind zwei der Hauptursachen für diese Gefährdung direkt mit intensiver Landwirtschaft verbunden. Daher ist das Wissen um die Situation von Amphibien in der Agrarlandschaft von entscheidender Bedeutung für Schutzmaßnahmen. In der vorliegenden Arbeit wurden Amphibienpopulationen in der durch Weinbau geprägten Gegend um Landau in der Pfalz (Deutschland) im Hinblick auf Lebensraumnutzung, Pestizidexposition, biometrische Merkmale sowie der Alters- und genetischer Populationsstruktur untersucht. Da Agrarflächen oft zur Fragmentierung von Landschaften führen, ging ich der Frage nach ob dies auch auf Weinberge zutrifft und ob eingesetzte Pestizide zur Fragmentierung beitragen, ob also eine chemische Landschaftsfragmentierung vorliegt. Durch die Telemetrierung von Erdkröten (Bufo bufo) konnte ich zeigen, dass diese Art direkt in Weinbergen gefunden werden kann, diese aber generell eher meidet. Die Analyse der genetischen Struktur von Grasfröschen (Rana temporaria) ergab, dass Weinberge als Barriere für Amphibien anzusehen sind. Um herauszufinden, ob Pestizide zu der daraus resultierenden Landschaftsfragmentierung beitragen, führte ich einen Wahlversuch im Labor durch, bei dem ich ein Vermeidungsverhalten gegenüber kontaminierten Böden fand, was zu einer chemischen Landschaftsfragmentierung führen könnte. Durch die Kombination von Telemetriedaten mit Daten über Pestizidanwendungen von lokalen Winzern konnte ich zeigen, dass ein großer Teil der Erdkröten mit Pestiziden in Kontakt kommt. Außerdem konnte gezeigt werden, dass sich die Agrarlandschaft und hier wahrscheinlich Pestizide negativ auf die Fortpflanzungsfähigkeit von Erdkröten auswirkt. Bei der Untersuchung von Fadenmolchen (Lissotriton helveticus) stellte ich fest, dass adulte Molche aus Gewässern in der Agrarlandschaft kleiner sind als Individuen aus Gewässern im Wald. Da kein Unterschied in der Altersstruktur festgestellt werden konnte, könnten diese Größenunterschiede auf suboptimale Bedingungen für Larven und/oder Jungtiere hindeuten, wenngleich Gewässer in der Agrarlandschaft geeignete Lebensräume für adulte Teichmolche sein könnten. Ich komme zu dem Schluss, dass die beste Maßnahme zum Schutz von Amphibien in der Agrarlandschaft eine heterogene Kulturlandschaft mit einem Mosaik aus verschiedenen Lebensräumen wäre, die ohne oder zumindest mit weniger Pestiziden auskommt. Grüne Korridore zwischen Populationen und Teillebensräumen würden es wandernden Individuen ermöglichen, landwirtschaftliche und damit pestizidbelastete Flächen zu vermeiden. Dies würde das Risiko der Pestizidexposition von Amphibien verringern und gleichzeitig die Fragmentierung der Landschaft und damit die Isolation von Populationen verhindern.
The use of agricultural plastic covers has become common practice for its agronomic benefits such as improving yields and crop quality, managing harvest times better, and increasing pesticide and water use efficiency. However, plastic covers are suspected of partially breaking down into smaller debris and thereby contributing to soil pollution with microplastics. A better understanding of the sources and fate of plastic debris in terrestrial systems has so far been hindered by the lack of adequate analytical techniques for the mass-based and polymer-selective quantification of plastic debris in soil. The aim of this dissertation was thus to assess, develop, and validate thermoanalytical methods for the mass-based quantification of relevant polymers in and around agricultural fields previously covered with fleeces, perforated foils, and plastic mulches. Thermogravimetry/mass spectrometry (TGA/MS) enabled direct plastic analyses of 50 mg of soil without any sample preparation. With polyethylene terephthalate (PET) as a preliminary model, the method limit of detection (LOD) was 0.7 g kg−1. But the missing chromatographic separation complicated the quantification of polymer mixtures. Therefore, a pyrolysis-gas chromatography/mass spectrometry (Py-GC/MS) method was developed that additionally exploited the selective solubility of polymers in specific solvents prior to analysis. By dissolving polyethylene (PE), polypropylene (PP), and polystyrene (PS) in a mixture of 1,2,4-trichlorobenzene and p-xylene after density separation, up to 50 g soil became amenable to routine plastic analysis. Method LODs were 0.7–3.3 mg kg−1, and the recovery of 20 mg kg−1 PE, PP, and PS from a reference loamy sand was 86–105%. In the reference silty clay, however, poor PS recoveries, potentially induced by the additional separation step, suggested a qualitative evaluation of PS. Yet, the new solvent-based Py-GC/MS method enabled a first exploratory screening of plastic-covered soil. It revealed PE, PP, and PS contents above LOD in six of eight fields (6% of all samples). In three fields, PE levels of 3–35 mg kg−1 were associated with the use of 40 μm thin perforated foils. By contrast, 50 μm PE films were not shown to induce plastic levels above LOD. PP and PS contents of 5–19 mg kg−1 were restricted to single observations in four fields and potentially originated from littering. The results suggest that the short-term use of thicker and more durable plastic covers should be preferred to limit plastic emissions and accumulation in soil. By providing mass-based information on the distribution of the three most common plastics in agricultural soil, this work may facilitate comparisons with modeling and effect data and thus contribute to a better risk assessment and regulation of plastics. However, the fate of plastic debris in the terrestrial environment remains incompletely understood and needs to be scrutinized in future, more systematic research. This should include the study of aging processes, the interaction of plastics with other organic and inorganic compounds, and the environmental impact of biodegradable plastics and nanoplastics.