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Currently more than 850 biological databases exist. The majority of biological knowledge is not in these databases but rather contained as free text in scientific literature. For systems biology tasks it is often necessary to integrate and extract data from heterogeneous databases and free text as well as to analyse the information in the context of experimental data. ONDEX is an integration framework which aims to address these challenges by combining features of database integration, text mining and sequence analysis with methods for graph-based data analysis and visualisation. The main topics of this diploma thesis are the redesign of the ONDEX backend, the development of a data exchange format, the development of a query environment and the allocation of Web services for data integration, data exchange and queries. These Web services allow backend workflow control from both local and remote workstations.
Fehler in der Anforderungsanalyse führen häufig zu Misserfolgen in der Entwicklung von Softwaresystemen. Seit einiger Zeit wird versucht, diesem Problem durch Requirements- Engineering zu begegnen. Durch die frühe Beteiligung aller Stakeholder an der Entwicklung eines Systems sowie eine strukturierte Vorgehensweise zur Ermittlung und Analyse von Anforderungen an ein zu erstellendes System hat es als erster Schritt in der Entwicklung von Softwaresystemen zunehmend an Bedeutung gewonnen. Die steigende Komplexität moderner Softwaresysteme bringt jedoch eine gewaltige Menge an Informationen mit sich, die während der Analyse erfasst und verwaltet werden müssen. Dieser Informationsflut ist ohne Unterstützung durch entsprechende Software kaum beizukommen. Vor allem in größeren, räumlich verteilten Projekten wäre ein effektives Requirements-Engineering sonst kaum möglich. Es gibt inzwischen eine Vielzahl von Tools, die das Requirements-Engineering unterstützen. Diese Tools sind bereits seit geraumer Zeit im Einsatz und setzen in ihren aktuellsten Versionen die wichtigsten Konzepte des Requirements-Engineering um. Im Rahmen dieser Arbeit werden einige dieser Tools im Hinblick auf Funktionsumfang und Verzeichnisstruktur untersucht. Besonderes Interesse galt der Verwaltung von Anforderungen und deren Abhängigkeiten untereinander. Die gewonnenen Erkenntnisse werden anschließend in ein Referenzmodell integriert.